Dinamika politik lembaga eksekutif Indonesia 1999-2004 diwarnai oleh pergantian kepala eksekutif beserta kabinetnya, sehingga masa ini bisa dibagi berdasarkan kepala eksekutif, yaitu B.J Habibie, Abdurrahman Wahid, Megawati Soekarnoputri dan Susilo Bambang Yudhoyono.
1. B.J Habibie (1 tahun 4 bulan 29 hari)
Dalam masa pemerintahannya, pemerintahannya terpengaruh oleh kasus yang berkaitan dengan tindakan orang-orang yang dekat dengannya. Mereka melakukan korupsi puluhan miliar rupiah hasil skandal Bank Bali dan diduga Habibie ikut terlibat. Kasus ini dinamakan Baligate.
Pada tahun 1999, dilaksanakan pemilu legislatif yang diikuti oleh 48 partai politik dan berlangsung pada masa 13 bulan pemerintahan Habibie. Tidak hanya itu, Sidang Umum MPR juga dilaksanakan pada tahun ini untuk memillih presiden dan wakil presiden. Dari sidang itu terpilihlah Abdurrahman Wahid dan Megawati Soekarnoputri.
2. Abdurrahman Wahid (1 tahun 9 bulan 3 hari)
Kabinetnya dinamakan Kabinet Persatuan Nasional. Pemerintahnnya diwarnai banyak konflik. Salah satunya adalah ketidakakuran Gus Dur dengan menteri-menterinya. Selain itu, terdapat pula kasus ”Buloggate” dan ”Bruneigate” yang menyeret namanya sebagai dalang.
Masalah Buloggate menyangkut penggunaan dana Yanatera Bulog sebesar Rp 35 miliar yang diduga disalahgunakan pemerintahan Gus Dur. Soewondo yang merupakan tukang pijat Gus Dur adalah tersangka di balik kasus ini. Menurut Wakil Kabulog, Sapuan (orang yang mengeluarkan dan Rp 35 miliar), Soewondo sering mengaku sebagai utusan Gus Dur. Dengan menjual nama Gusdur, Soewondo mengaku bisa mengubah nasib Sapuan menjadi Kepala Bulog asal bisa meluluskan permintaan Soewondo untuk memberi uang Rp 35 miliar.
Sedangkan masalah Bruneigate menyangkut bantuan Sultan Hasanal Bolkiah dari Brunei Darrusalam sebesar 2 juta dolar (setara dengan Rp 16 miliar) kepada Gus Dur.
Kedua kasus menyebabkan terbentuknya pansus (panitia khusus) yang bertugas untuk menyelidiki kasus ini. Pembentukan pansus tidak mendapat persetujuan dari Gus Dur karena tidak sesuai dengan UU No. 6 tahun 1954 tentang hak angket legislatif kepada eksekutif. Walaupun begitu, pansus terus-menerus menekan Gus Dur. Sampai dilaksanakanlah Sidang Istimewa MPR pada tahun 2001 yang memutuskan untuk melengserkan Gus Dur yang tidak bersedia hadir pada sidang itu. Bahkan beliau berniat mengeluarkan suatu Dekrit Presiden untuk membubarkan MPR dan DPR, dengan alasan menghadiri Sidang Istimewa tersebut berarti bisa dianggap melanggar UUD 1945, sebab UUD 1945 mempergunakan sistem presidensial, bukan parlementer.
3. Megawati Soekarnoputri (3 tahun 2 bulan 27 hari)
Presiden Gus Dur kemudian digantikan oleh Sang Wakil Presiden, yaitu Megawati Soekarnoputri. Kemudian dalam Sidang Tahunan MPR 2001, Megawati Soekarnoputri diangkat menjadi presiden dan didampingi Hamzah Haz sebagai Wakil Presiden.
Kabinetnya dinamakan Kabinet Gotong Royong. Para menteri bidang ekonomi dianggap telah memenuhi harapan pasar dan masyarakat, tetapi di bidang politik ditemukan sejumlah kelemahan karena ada sejumlah jabatan yang diisi figur yang kurang tepat. Seperti pada Menteri Pertahanan yang dipercayakan kepada Matori Abdul Djalil. Dia adalah tokoh yang konsen pada partai politik dan belum pernah terdengar konsepnya tentang pertahanan negara.
Seperti pemerintahan Presiden RI lainnya, pemerintahan Megawati juga diwarnai oleh kasus. Sukhoigate adalah kasus pembelian pesawat senilai Rp 1.571 triliun yang dilakukan Megawati tanpa menjalani prosedur yang berlaku dengan membicarakannya terlebih dahulu dengan DPR dan Dephan. Yang lebih menarik lagi, Megawati mengikuti prosedur kuno zaman orde baru dengan meminta bantuan Bulog. Akibatnya, Sukhoigate berkaitan dengan Buloggate. Padahal seharusnya Mega tidak boleh melibatkan Bulog karena Bulog berperan sebagai penyangga penstabilan harga pangan. Disinyalir Megawati melakukannya untuk mendapat dana hasil diskon atau potongan pembelian Sukhoi untuk digunakan sebagai dana Pemilu 2004.
3. Susilo Bambang Yudhoyono (20 Oktober 2004 – sekarang)
Sesuai dengan ketentuan yang berlaku, diadakanlah Pemilu Presiden dan Wakil Presiden pertama yang diikuti oleh 5 pasang calon presiden dan wapresnya. Pemilu yang dilaksanakan selama dua putaran ini membawa Susilo Bambang Yudhoyono dan Muhammad Jusuf Kalla sebagai presiden dan wakil presiden pertama yang dipilih langsung oleh rakyat.
Kabinet yang dibentuk oleh mereka berdua bernama Kabinet Indonesia Bersatu. Dalam masa-masa awal, pemerintahan SBY-JK tidak fokus dan jauh dari harapan rakyat. Banyak kebijakan SBY direspon lambat oleh pembantu-pembantunya dan tingkat koordinasi masih belum berjalan tertib yang akhirnya merugikan kepentingan rakyat yang mendambakan perubahan.
Rujukan :
http://els.bappenas.go.id/upload/other/Wajah%20Kabinet%20Gotong%20Royong.htm
http://id.wikipedia.org/wiki/Pemilihan_Umum_Presiden_dan_Wakil_Presiden_Indonesia_2004
http://www.gatra.com/artikel.php?id=413
http://www.hamline.edu/apakabar/basisdata/1999/08/25/0019.html
http://www.hamline.edu/apakabar/basisdata/2000/09/12/0007.html
http://www.hamline.edu/apakabar/basisdata/2001/02/24/0030.html
http://www.kapanlagi.com/h/0000048689.html
http://www.kbriwina.at/pemilu/sejarahpemilu/pemilu1999/index.html
http://www.pelita.or.id/cetakartikel.php?id=15470
http://www.tempointeraktif.com/share/?act=TmV3cw==&type=UHJpbnQ=&media=bmV3cw==&y=JEdMT0JBTFNbeV0=&m=JEdMT0JBTFNbbV0=&d=JEdMT0JBTFNbZF0=&id=MTU2ODI=